透過 scikit-build
使用#
scikit-build
提供了兩個獨立的概念,旨在為 Python 擴充模組的使用者服務。
setuptools
的替代方案(舊版行為)一系列
cmake
模組,其中包含有助於建置 Python 擴充功能的定義
注意
可以使用 scikit-build
的 cmake
模組來完全繞過 cmake 設定機制,並編寫呼叫 f2py -c
的目標。**不建議** 這樣使用,因為這些建置系統文件的重點是擺脫內部的 numpy.distutils
方法。
對於不需要或不想要 setuptools
替代方案的情況(即如果不需要 wheels
),建議改為使用透過 cmake 使用中描述的原始 cmake
設定。
費波納契演練 (F77)#
我們將考慮入門 - 包裝的三種方式章節中的 fib
範例。
C FILE: FIB1.F
SUBROUTINE FIB(A,N)
C
C CALCULATE FIRST N FIBONACCI NUMBERS
C
INTEGER N
REAL*8 A(N)
DO I=1,N
IF (I.EQ.1) THEN
A(I) = 0.0D0
ELSEIF (I.EQ.2) THEN
A(I) = 1.0D0
ELSE
A(I) = A(I-1) + A(I-2)
ENDIF
ENDDO
END
C END FILE FIB1.F
CMake
模組專用#
考慮使用以下 CMakeLists.txt
。
### setup project ###
cmake_minimum_required(VERSION 3.9)
project(fibby
VERSION 1.0
DESCRIPTION "FIB module"
LANGUAGES C Fortran
)
# Safety net
if(PROJECT_SOURCE_DIR STREQUAL PROJECT_BINARY_DIR)
message(
FATAL_ERROR
"In-source builds not allowed. Please make a new directory (called a build directory) and run CMake from there.\n"
)
endif()
# Ensure scikit-build modules
if (NOT SKBUILD)
find_package(PythonInterp 3.8 REQUIRED)
# Kanged --> https://github.com/Kitware/torch_liberator/blob/master/CMakeLists.txt
# If skbuild is not the driver; include its utilities in CMAKE_MODULE_PATH
execute_process(
COMMAND "${PYTHON_EXECUTABLE}"
-c "import os, skbuild; print(os.path.dirname(skbuild.__file__))"
OUTPUT_VARIABLE SKBLD_DIR
OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE
)
list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH "${SKBLD_DIR}/resources/cmake")
message(STATUS "Looking in ${SKBLD_DIR}/resources/cmake for CMake modules")
endif()
# scikit-build style includes
find_package(PythonExtensions REQUIRED) # for ${PYTHON_EXTENSION_MODULE_SUFFIX}
# Grab the variables from a local Python installation
# NumPy headers
execute_process(
COMMAND "${PYTHON_EXECUTABLE}"
-c "import numpy; print(numpy.get_include())"
OUTPUT_VARIABLE NumPy_INCLUDE_DIRS
OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE
)
# F2PY headers
execute_process(
COMMAND "${PYTHON_EXECUTABLE}"
-c "import numpy.f2py; print(numpy.f2py.get_include())"
OUTPUT_VARIABLE F2PY_INCLUDE_DIR
OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE
)
# Prepping the module
set(f2py_module_name "fibby")
set(fortran_src_file "${CMAKE_SOURCE_DIR}/fib1.f")
set(f2py_module_c "${f2py_module_name}module.c")
# Target for enforcing dependencies
add_custom_target(genpyf
DEPENDS "${fortran_src_file}"
)
add_custom_command(
OUTPUT "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${f2py_module_c}"
COMMAND ${PYTHON_EXECUTABLE} -m "numpy.f2py"
"${fortran_src_file}"
-m "fibby"
--lower # Important
DEPENDS fib1.f # Fortran source
)
add_library(${CMAKE_PROJECT_NAME} MODULE
"${f2py_module_name}module.c"
"${F2PY_INCLUDE_DIR}/fortranobject.c"
"${fortran_src_file}")
target_include_directories(${CMAKE_PROJECT_NAME} PUBLIC
${F2PY_INCLUDE_DIR}
${NumPy_INCLUDE_DIRS}
${PYTHON_INCLUDE_DIRS})
set_target_properties(${CMAKE_PROJECT_NAME} PROPERTIES SUFFIX "${PYTHON_EXTENSION_MODULE_SUFFIX}")
set_target_properties(${CMAKE_PROJECT_NAME} PROPERTIES PREFIX "")
# Linker fixes
if (UNIX)
if (APPLE)
set_target_properties(${CMAKE_PROJECT_NAME} PROPERTIES
LINK_FLAGS '-Wl,-dylib,-undefined,dynamic_lookup')
else()
set_target_properties(${CMAKE_PROJECT_NAME} PROPERTIES
LINK_FLAGS '-Wl,--allow-shlib-undefined')
endif()
endif()
add_dependencies(${CMAKE_PROJECT_NAME} genpyf)
install(TARGETS ${CMAKE_PROJECT_NAME} DESTINATION fibby)
大部分邏輯與透過 cmake 使用中相同,但值得注意的是,此處適當的模組後綴是透過 sysconfig.get_config_var("SO")
生成的。產生的擴充功能可以在標準工作流程中建置和載入。
ls .
# CMakeLists.txt fib1.f
cmake -S . -B build
cmake --build build
cd build
python -c "import numpy as np; import fibby; a = np.zeros(9); fibby.fib(a); print (a)"
# [ 0. 1. 1. 2. 3. 5. 8. 13. 21.]
setuptools
替代方案#
注意
截至 2021 年 11 月
此處描述的驅動模組 cmake
建置的行為被視為舊版行為,不應依賴。
scikit-build
的效用在於能夠驅動生成超出擴充模組的內容,特別是常見的使用模式是生成 Python 可發行套件(例如用於 PyPI)。
scikit-build
的工作流程直接支援此類封裝需求。考慮使用定義的 setup.py
來擴充專案
from skbuild import setup
setup(
name="fibby",
version="0.0.1",
description="a minimal example package (fortran version)",
license="MIT",
packages=['fibby'],
python_requires=">=3.7",
)
以及相應的 pyproject.toml
[build-system]
requires = ["setuptools>=42", "wheel", "scikit-build", "cmake>=3.9", "numpy>=1.21"]
build-backend = "setuptools.build_meta"
總之,這些可以使用 cmake
與其他標準 setuptools
輸出協同建置擴充功能。當需要與非使用 cmake
建置的擴充模組整合時,主要使用透過 setup.py
執行 cmake
。
ls .
# CMakeLists.txt fib1.f pyproject.toml setup.py
python setup.py build_ext --inplace
python -c "import numpy as np; import fibby.fibby; a = np.zeros(9); fibby.fibby.fib(a); print (a)"
# [ 0. 1. 1. 2. 3. 5. 8. 13. 21.]
我們已將模組的路徑修改為 --inplace
,將擴充模組放置在子資料夾中。