F2PY 範例#
以下是一些 F2PY 用法範例。此列表並不詳盡,但可用作包裝您自己程式碼的起點。
注意
尋找範例的最佳地點是 NumPy issue tracker,或是 f2py
的測試案例。更多用例在 樣板減少與範本化 中。
F2PY 逐步解說:基本擴充模組#
為基本擴充模組建立原始碼#
考慮以下子程序,包含在名為 add.f
的檔案中
C
SUBROUTINE ZADD(A,B,C,N)
C
DOUBLE COMPLEX A(*)
DOUBLE COMPLEX B(*)
DOUBLE COMPLEX C(*)
INTEGER N
DO 20 J = 1, N
C(J) = A(J)+B(J)
20 CONTINUE
END
此常式僅將兩個連續陣列中的元素相加,並將結果放入第三個陣列中。所有三個陣列的記憶體必須由呼叫常式提供。可以使用 f2py 自動產生此常式的非常基本介面
python -m numpy.f2py -m add add.f
此命令將在目前目錄中產生一個名為 addmodule.c
的擴充模組。現在可以編譯此擴充模組,並像任何其他擴充模組一樣從 Python 中使用。
建立已編譯的擴充模組#
您也可以讓 f2py 同時編譯 add.f
以及產生的擴充模組,只留下一個可以從 Python 匯入的共享函式庫擴充檔案
python -m numpy.f2py -c -m add add.f
此命令會產生與您的平台相容的 Python 擴充模組。然後可以從 Python 匯入此模組。它將包含 add
中每個子程序的函式。每個函式的 docstring 都包含有關如何呼叫模組函式的資訊
>>> import add
>>> print(add.zadd.__doc__)
zadd(a,b,c,n)
Wrapper for ``zadd``.
Parameters
----------
a : input rank-1 array('D') with bounds (*)
b : input rank-1 array('D') with bounds (*)
c : input rank-1 array('D') with bounds (*)
n : input int
改進基本介面#
預設介面非常字面地將 Fortran 程式碼翻譯成 Python。Fortran 陣列引數會轉換為 NumPy 陣列,而整數引數應對應到 C
整數。介面將嘗試將所有引數轉換為其所需的類型(和形狀),如果失敗則發出錯誤。但是,由於 f2py
對引數的語意一無所知(例如 C
是輸出,而 n
實際上應該與陣列大小相符),因此可能會以可能導致 Python 崩潰的方式濫用此函式。例如
>>> add.zadd([1, 2, 3], [1, 2], [3, 4], 1000)
將導致大多數系統上的程式崩潰。在底層,列表正在轉換為陣列,但隨後會告知底層 add
函式循環超出已分配記憶體的邊界。
為了改進介面,f2py
支援指示詞。這是透過建構簽名檔來完成的。通常最好從 f2py
在該檔案中產生的介面開始,這些介面對應於預設行為。若要讓 f2py
產生介面檔案,請使用 -h
選項
python -m numpy.f2py -h add.pyf -m add add.f
此命令會在目前目錄中建立 add.pyf
檔案。此檔案中對應於 zadd
的區段是
subroutine zadd(a,b,c,n) ! in :add:add.f
double complex dimension(*) :: a
double complex dimension(*) :: b
double complex dimension(*) :: c
integer :: n
end subroutine zadd
透過放置 intent 指示詞和檢查程式碼,可以大幅清理介面,使 Python 模組函式更易於使用,且對格式錯誤的輸入更具備穩健性。
subroutine zadd(a,b,c,n) ! in :add:add.f
double complex dimension(n) :: a
double complex dimension(n) :: b
double complex intent(out),dimension(n) :: c
integer intent(hide),depend(a) :: n=len(a)
end subroutine zadd
intent 指示詞 intent(out) 用於告知 f2py,c
是一個輸出變數,應由介面建立,然後再傳遞給底層程式碼。intent(hide) 指示詞告知 f2py 不允許使用者指定變數 n
,而是從 a
的大小取得。depend( a
) 指示詞是必要的,以告知 f2py n 的值取決於輸入 a(因此它不會嘗試建立變數 n,直到建立變數 a 為止)。
修改 add.pyf
後,可以透過編譯 add.f
和 add.pyf
來產生新的 Python 模組檔案
python -m numpy.f2py -c add.pyf add.f
新介面的 docstring 是
>>> import add
>>> print(add.zadd.__doc__)
c = zadd(a,b)
Wrapper for ``zadd``.
Parameters
----------
a : input rank-1 array('D') with bounds (n)
b : input rank-1 array('D') with bounds (n)
Returns
-------
c : rank-1 array('D') with bounds (n)
現在,可以以更穩健的方式呼叫函式
>>> add.zadd([1, 2, 3], [4, 5, 6])
array([5.+0.j, 7.+0.j, 9.+0.j])
請注意發生的自動轉換為正確格式。
在 Fortran 原始碼中插入指示詞#
也可以透過將變數指示詞作為特殊註解放置在原始 Fortran 程式碼中,來自動產生上一節的穩健介面。
注意
對於正在積極開發 Fortran 程式碼的專案,這可能是首選方法。
因此,如果修改原始碼以包含
C
SUBROUTINE ZADD(A,B,C,N)
C
CF2PY INTENT(OUT) :: C
CF2PY INTENT(HIDE) :: N
CF2PY DOUBLE COMPLEX :: A(N)
CF2PY DOUBLE COMPLEX :: B(N)
CF2PY DOUBLE COMPLEX :: C(N)
DOUBLE COMPLEX A(*)
DOUBLE COMPLEX B(*)
DOUBLE COMPLEX C(*)
INTEGER N
DO 20 J = 1, N
C(J) = A(J) + B(J)
20 CONTINUE
END
然後,可以使用以下命令編譯擴充模組
python -m numpy.f2py -c -m add add.f
函式 add.zadd 的結果簽名與先前建立的簽名完全相同。如果原始原始碼包含 A(N)
而不是 A(*)
,依此類推 B
和 C
,那麼幾乎相同的介面可以透過在原始碼中放置 INTENT(OUT) :: C
註解行來獲得。唯一的區別是 N
將是一個可選輸入,預設為 A
的長度。
篩選範例#
此範例顯示一個函式,該函式使用固定的平均濾波器篩選雙精度浮點數的二維陣列。從此範例中應清楚了解使用 Fortran 索引到多維陣列的優勢。
C
SUBROUTINE DFILTER2D(A,B,M,N)
C
DOUBLE PRECISION A(M,N)
DOUBLE PRECISION B(M,N)
INTEGER N, M
CF2PY INTENT(OUT) :: B
CF2PY INTENT(HIDE) :: N
CF2PY INTENT(HIDE) :: M
DO 20 I = 2,M-1
DO 40 J = 2,N-1
B(I,J) = A(I,J) +
& (A(I-1,J)+A(I+1,J) +
& A(I,J-1)+A(I,J+1) )*0.5D0 +
& (A(I-1,J-1) + A(I-1,J+1) +
& A(I+1,J-1) + A(I+1,J+1))*0.25D0
40 CONTINUE
20 CONTINUE
END
可以使用以下命令將此程式碼編譯並連結到名為 filter 的擴充模組中
python -m numpy.f2py -c -m filter filter.f
這將在目前目錄中產生一個擴充模組,其中包含一個名為 dfilter2d
的函式,該函式傳回輸入的篩選版本。
depends
關鍵字範例#
考慮以下程式碼,儲存在檔案 myroutine.f90
中
subroutine s(n, m, c, x)
implicit none
integer, intent(in) :: n, m
real(kind=8), intent(out), dimension(n,m) :: x
real(kind=8), intent(in) :: c(:)
x = 0.0d0
x(1, 1) = c(1)
end subroutine s
使用 python -m numpy.f2py -c myroutine.f90 -m myroutine
包裝它,我們可以在 Python 中執行以下操作
>>> import numpy as np
>>> import myroutine
>>> x = myroutine.s(2, 3, np.array([5, 6, 7]))
>>> x
array([[5., 0., 0.],
[0., 0., 0.]])
現在,我們將先為此子程序建立簽名檔,而不是直接產生擴充模組。這是多步驟擴充模組產生的常見模式。在此情況下,執行
python -m numpy.f2py myroutine.f90 -m myroutine -h myroutine.pyf
會產生以下簽名檔
! -*- f90 -*-
! Note: the context of this file is case sensitive.
python module myroutine ! in
interface ! in :myroutine
subroutine s(n,m,c,x) ! in :myroutine:myroutine.f90
integer intent(in) :: n
integer intent(in) :: m
real(kind=8) dimension(:),intent(in) :: c
real(kind=8) dimension(n,m),intent(out),depend(m,n) :: x
end subroutine s
end interface
end python module myroutine
! This file was auto-generated with f2py (version:1.23.0.dev0+120.g4da01f42d).
! See:
! https://web.archive.org/web/20140822061353/http://cens.ioc.ee/projects/f2py2e
現在,如果我們執行 python -m numpy.f2py -c myroutine.pyf myroutine.f90
,我們會看到錯誤;請注意,簽名檔包含 x
的 depend(m,n)
陳述式,這是沒有必要的。實際上,編輯上面的檔案以讀取
! -*- f90 -*-
! Note: the context of this file is case sensitive.
python module myroutine ! in
interface ! in :myroutine
subroutine s(n,m,c,x) ! in :myroutine:myroutine.f90
integer intent(in) :: n
integer intent(in) :: m
real(kind=8) dimension(:),intent(in) :: c
real(kind=8) dimension(n,m),intent(out) :: x
end subroutine s
end interface
end python module myroutine
! This file was auto-generated with f2py (version:1.23.0.dev0+120.g4da01f42d).
! See:
! https://web.archive.org/web/20140822061353/http://cens.ioc.ee/projects/f2py2e
並執行 f2py -c myroutine.pyf myroutine.f90
會產生正確的結果。